Yeni Camii inşasına, Sultan III. Murat’ın eşi olan Safiye Sultan’ın emirleri üzerine, 1597 yılında temelleri atılarak başlanmıştır. 1597 yılında temelleri atılan cami, 1665 yılında IV. Mehmet’in annesi olan Turhan Hatice Sultan tarafından sarf edilen büyük emekler ve yapılan bağışlar ile tamamlanarak ibadete açılmıştır.
Eminönü Yeni Camii Avlusu
Dönemin şehir siluetine ve görselliğine önemli katkılar sağlamıştır. Mimar Davut Ağa tarafından yapımına başlanan, Mimar Dalgıç Ahmet Ağa tarafından yapımına devam edilen, fakat 66 yıl sonra Mimar başısı Mustafa Ağa tarafından tamamlanabilen bir camiidir. Cami inşaatı esnasında, temel aşamasında oldukça fazla miktarda su çıkması, inşaat yapımında sıkıntılara neden olmuştur. Zemini sağlamlaştırmak maksadı ile uçlarına kurşun kuşaklar bağlı kazıklar çakılmış ve üzerlerine taş bloklar yerleştirilmiştir. Yapılan bu işlem neticesinde, duvar seviyeleri yerden oldukça yüksekte bulunmaktadır. Cami, 1660 yılında meydana gelen büyük İstanbul yangını nedeni ile oldukça hasar görmüştür. Yangın sonrasında hasar gören camii, Köprülü Mehmet Paşa’nın tavsiyeleri üzerine tekrar gündeme alınmış ve onarımına başlanmıştır.