Azerbaycan'ın en eski camilerinden Şamahı Cuma Camii (Shmakhi Juma Mosque) 743 yılında yapıldı. Türklerin Hazar Devleti döneminde ve sonrasında islamiyete geçişte önemli rolü olan cami çok zor yıllar da geçirdi.
Bazı zamanlarda tadilat yapılarak yenilenen cami 1918 yılında Ermeni çeteleri tarafından yakıldı. Azerbaycan Sovyet Rusya yönetiminde iken halkı islamdan ve kendi kültüründen uzaklaştırmak için cami kapatıldı. Sovyet Rusya camilerin büyük bir kısmını yıktı ancak Şamahı Cuma Camiini kapatmakla yetindi. 1980 yılında yenilenerek tekrar ibadete açıldı.
2009 yılında Azerbaycan Cumhurbaşkanı Haydar Aliyev fonu ile yenileme genişletme yapıldı. Minareler toplantı ve gösteri salonları ile kütüphane eklemeleri yapıldı.
Büyük zorluklar geçiren Türk topluluklarının tarihi Şamahı Cuma Camiinin üzerine yansımıştır. Günümüzde Doğu Türkistanda Çin zulmü devam ediyor. 2019 Ramazan ayında 800 yıllık camii yıkan Çinliler Uygur Türklerinin Çocuklarını Budist geleneklerine göre yetiştirerek islamdan uzaklaştırıyor. Doğu Türkistan ülkesinin tamamı kapalı bir ceza evi gibi toplama kaplarında faşist Çin yönetimi tarafından 2 milyon Uygur Türkü tutuluyor. Bilgi almak dahi mümkün değil dış ülkelerden telefon araması bile yapılamıyor. Sınır kapıları kapalı her yerde güvenlik kameraları asker ve polis Doğu Türkistanı yok etme çalışmaları hızla devam ediyor.